El 23 de marzo de 2026, la jueza Viviana Pila resolvió a favor de Alexandra Villacís en una acción de habeas data presentada contra el Ministerio del Trabajo. Villacís, vocal suplente del Consejo de la Judicatura, solicitó la eliminación de un impedimento que le prohibía ejercer funciones públicas, el cual se originaba por una supuesta deuda con el Servicio de Rentas Internas.
Este bloqueo le impidió asumir la presidencia de la Judicatura, primero de forma temporal desde el 9 de febrero, cuando Mario Godoy pidió licencia sin sueldo, y luego de manera definitiva desde el 18 de febrero, tras su destitución por la Asamblea Nacional. De acuerdo con la Constitución, la presidencia del organismo corresponde al delegado de la Corte Nacional de Justicia, cargo que ocupaba Godoy, por lo que su suplente, Villacís, debía sucederlo.

Sin embargo, debido al impedimento registrado por el Ministerio del Trabajo, la Judicatura declaró vacante la vocalía suplente de Villacís. Ante esto, el Consejo de Participación Ciudadana y Control Social inició un proceso para designar a un nuevo alterno de la Corte Nacional, el cual posteriormente se unificó con el procedimiento para nombrar al reemplazo definitivo de Godoy.
Tras el fallo judicial, aún no se conoce la postura oficial de la Judicatura ni del Consejo de Participación Ciudadana respecto a si se anulará dicho proceso de designación para permitir que Villacís asuma la titularidad. Mientras tanto, la institución es presidida de forma interina por Damián Larco, exdirector del SRI durante el gobierno de Daniel Noboa y actual delegado del Ejecutivo en el organismo.